Khu đô thị Phú Mỹ Hưng được khai thác phát triển với 5 cụm đô thị tổng cộng lên tới 750 ha, tạo thành tổ hợp trung tâm thương mại, tài chính quốc tế đứng đầu khu vực Đông Nam Á.

Khu A - Trung tâm đô thị mới. Với tổng diện tích lên tới 409 ha. Là tâm điểm của toàn khu đô thị, nơi thu hút rất nhiều nhà đầu tư và kinh doanh với kiến trúc phố được thiết kế theo phố Causeway Bay của Hồng Kông.

Khu B - Khu làng đại học với diện tích tổng cộng là 95 ha. Được thiết kế theo ý tưởng và kiến trúc từ các công trình hình thành cộng đồng tại khu vực thung lũng Silicon của California cùng hệ thống công viên khoa học của đài loan. Đây là khu chức năng tổng hợp chung dành cho dân cư, thương nghiệp, tổng hợp dịch vụ địa phương và hệ thống các công trình công cộng.  Đây cũng là là một trong những khu vực có phân hiệu của trường RMIT - trường đại học nổi tiếng hàng đầu của Úc.

Khu C - Khu trung tâm kỹ thuật cao với diện tích tổng cộng là 46 ha. Đây là khu vực tập trung rất nhiều nhà máy, xí nghiệp hoạt động trong lĩnh vực phát triển công nghệ cao kết hợp với khu chức năng đa hợp đáp ứng đầy đủ điều kiện cho các công dân sinh sống và làm việc.

Khu D - Khu trung tâm lưu thông hàng hóa II với diện tích tổng cộng là 85 ha. Khu vực này nằm tại ngã ba sông Bến Lức với sông Cần Giuộc là trung tâm phân phối và lưu thông hàng hóa, nơi lưu trữ kho hàng công nghiệp và thực phẩm liên quan. Bên cạnh đó được tổng hợp thêm chức năng tổ hợp thương mại với khối dân cư, các công trình công cộng được thiết kế với diện tích trên 5ha để phục vụ cư dân.

Khu E - Trung tâm lưu thông hàng hóa 1 với tổng diện tích 115 ha, có vị trí năm tại điểm giao của Quốc Lộ 1A  với khu đại lộ Nguyễn Văn Linh. Đây là khu tổng hợp của khu kho bãi công nghiệp kết hợp với khu trung chuyển hàng hóa và tổ hợp khu dân cư hỗn hợp. Khu E rất thuận lợi cho việc lưu thông hàng hóa theo cả 2 hướng đường thủy và đường bộ. Phần đất dành riêng cho các công trình công cộng chiếm khoảng 14ha.